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世界實(shí)時(shí):因美納推出全新AI軟件 可預(yù)測(cè)患者致病基因突變

時(shí)間:2023-06-05 16:37:58       來源:中國(guó)網(wǎng)財(cái)經(jīng)


(資料圖)

中國(guó)網(wǎng)財(cái)經(jīng)6月5日訊(記者 杜丁)因美納(納斯達(dá)克股票代碼:ILMN)日前宣布,推出全新人工智能(AI)算法——PrimateAI-3D,能高度準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)患者的致病基因突變。

相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在6月2日的《科學(xué)》(Science)期刊(第6648期)的兩篇論文里,文章詳細(xì)介紹了這種算法的訓(xùn)練方式及其在英國(guó)生物樣本庫(kù)(UK Biobank)隊(duì)列中50萬(wàn)個(gè)基因組的應(yīng)用情況。另外兩篇關(guān)于靈長(zhǎng)類動(dòng)物進(jìn)化研究的論文也同期發(fā)表,并為PrimateAI-3D的開發(fā)提供了信息。

“PrimateAI-3D將最新的人工智能技術(shù)與先進(jìn)的基因測(cè)序能力結(jié)合在一起。”因美納首席執(zhí)行官Francis deSouza表示,因美納將持續(xù)助力臨床醫(yī)生和研究人員同步研究大量基因組數(shù)據(jù),并有可能成倍地加速正在進(jìn)行的關(guān)鍵工作,以更好地為患者提供服務(wù)。

根據(jù)美國(guó)國(guó)家衛(wèi)生研究院發(fā)布的數(shù)據(jù),每年生成的基因組數(shù)據(jù)量接近400億GB。若想解鎖更多發(fā)現(xiàn)來促進(jìn)人類健康并改善精準(zhǔn)醫(yī)療水平,共享、分析和解讀基因組數(shù)據(jù)的能力尤為重要。

據(jù)了解,每個(gè)人都攜帶著數(shù)百萬(wàn)種基因變異,正是這些變異導(dǎo)致了健康和疾病風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體差異,但目前大多數(shù)變異的作用方式尚不明確。PrimateAI-3D可高度準(zhǔn)確地發(fā)現(xiàn)致病變異,解決疾病面臨的關(guān)鍵挑戰(zhàn),從而成功實(shí)現(xiàn)個(gè)體化基因組精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)。

為了獲得先進(jìn)的性能,PrimateAI-3D采用了與ChatGPT和AlphaFold類似的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)架構(gòu),不同之處在于PrimateAI-3D是根據(jù)基因組序列而不是人類語(yǔ)言來進(jìn)行訓(xùn)練。另外,在ChatGPT等生成性語(yǔ)言模型中,現(xiàn)有的文本就可以為訓(xùn)練提供信息,而人類基因組中導(dǎo)致疾病的基因變異在很大程度上卻是未知的。

為解決這個(gè)問題,PrimateAI-3D有效地利用自然選擇來訓(xùn)練深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的參數(shù)。這種訓(xùn)練基于此前對(duì)233種不同靈長(zhǎng)類動(dòng)物進(jìn)行測(cè)序時(shí)發(fā)現(xiàn)的數(shù)百萬(wàn)種良性基因變異來開展,這也是迄今為止開展的最大規(guī)模的非人類靈長(zhǎng)類物種測(cè)序工作。對(duì)非人類靈長(zhǎng)類動(dòng)物開展測(cè)序可以幫助科學(xué)家推斷人類遺傳變異的致病性,從而更好地解讀全基因組范圍內(nèi)的臨床變異。

結(jié)果發(fā)現(xiàn)深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)不僅能在所有接受測(cè)試的六組臨床隊(duì)列中高度準(zhǔn)確地識(shí)別致病變異,還能提供個(gè)性化的遺傳病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè),這些預(yù)測(cè)已在近50萬(wàn)人的隊(duì)列中得到驗(yàn)證。

因美納人工智能副總裁、上述出版物的通訊作者Kyle Farh表示:“由于非人類靈長(zhǎng)類物種的基因組與人類基因組相近,它們具有獨(dú)一無二的優(yōu)勢(shì),既可以幫助我們了解人類疾病的遺傳基礎(chǔ),也可以讓我們了解它們自身的真實(shí)情況?!?

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